游戏王黑暗中的大海

葵对sol技术公司的做法抱有疑念，她去搜索下落不明的aqua。另一方面，blood shepherd掌握到aqua的住所，为了抹杀伊格尼斯而向aqua发起攻击。不过，那时他的面前却出现了ghost girl，拦住去路……
ghost girl为了保护aqua，挡在blood shepherd的面前。但是，blood shepherd在追击伊格尼斯一事受到妨碍后大发雷霆，向ghost girl提出一旦落败就会失去帐号的决斗。另一方面，aqua对blue girl坦白了有关自己搭档的真相。
blood shepherd知道了sol技术公司背后隐藏的冲击性计划，离开财前那里开始独自搜索伊格尼斯。revolver看上了那blood shepherd非凡的网络入侵能力，于是来到他那边，并为歼灭伊格尼斯的事提出双方一起作战，可是……
lightning对暗地里revolver的行动有所警戒，于是向搜索伊格尼斯的blood shepherd挑战决斗。以歼灭ai为目标的blood shepherd使出新战术将lightning压倒。
blood shepherd压制了lightning的战术处于优势，然而lightning不断唤出怪兽，迎击“无人机”。俩人势均力敌的战斗很快会到达谁都无法预测的境地。blood shepherd究竟能不能制止敌视人类的lightning呢！？
playmaker到revolver联络得知有事想谈，招集同伴们前往指定地点。就在那里，revolver向playmaker他们提出双方共同作战。然而，soulburner由于10年前实行的悲惨计划「汉诺计划」留下很深的内心创伤而对revolver表示反对。
revolver对playmaker和soulburner等人提出了双方共同作战。可是，soulburner怒不可遏地反对此事，还和revolver开始了决斗。soulburner爆发了对revolver的怨恨以「转生炎兽」施加怒涛般的攻势，另一方面revolver倒采取了让人意外的行动。
playmaker他们闯入“镜像连接境智网”，冲向lightning那里。另一方面，哈鲁受到lightning指示去挡在blue maiden的面前，开始决斗。
本来身为中立派的earth无论是他还是specter是都没有和对方接触的可能性。并且对伊格尼斯的立场不感兴趣，只为拯救aqua而奔走。但现在的状况为了保护aqua，他和specter达成了暂时联手的共同战线。
lightning选上specter作为下个目标，利用「天装骑兵」和「裁决之矢」做出的额外连接把specter逼到走投无路。specter虽然陷入让人绝望的状况，但展示出专门为突破lightning战术而准备的惊人秘术！
specter将计就计，利用lightning的「裁决之矢」漂亮地打破了额外连接，逆转了战况。受到「圣天树」覆盖的战场上，specter向着歼灭伊格尼斯这一目的奋勇前进，攻向lightning。
复活的windy在和revolver做个了断之前，为完成lightning的作战计划而袭向soulburner。面对眼前已对人类加深恨意的windy所发动的激烈攻击，soulburner要怎样进行对抗呢！？
windy的‘岚闘机(岚斗机）’不断发动袭击，soulburner被逼入穷途末路的危机中。但是，在soulburner心中的火焰并没有消失。知道windy对自身搭档狠下毒手的理由之后，愤怒的soulburner跟flame一起采取了让人意外的行动……
blue maiden的面前，以成为次世代伊格尼斯为目标的鲍曼出现并阻挡去路。aqua很抗拒鲍曼的思想，blue maiden为了拿回美优的意识而发起挑战。鲍曼虽然失去哈鲁却还是保持了那冷静到可怕的决斗，而blue maiden则与aqua一起毫不畏惧地冲向敌人。
以迄今为止的战斗数据为基础，鲍曼掌握了更为强力的战术，用进化的“驱动龙”在一瞬之间就将blue maiden逼得走投无路。可是她没有选择放弃，始终站在鲍曼的面前。blue maiden抱着决不屈服的信念所采用的战术是……！？
突然在playmaker面前作为敌人出现的人，就是他一直以来同甘共苦的同伴草薙。被lightning拿弟弟做人质，因此不得不战的草薙向playmaker挑起决斗。playmaker对与挚友的决斗产生动摇……
草薙翔一对playmaker的卡组了如指掌，为了保护弟弟·仁，他毫不留情地发动攻击。另一方面，以搭档为对手一直没法攻击的playmaker只剩下很少的lp。就在那时，草薙突然提起了过去俩人立下约定的事。
playmaker受到和草薙战斗的影响陷入昏迷，soulburner为了保护他而开始和鲍曼决斗。面对因lightning的残忍做法而爆发怒火的soulburner，鲍曼的脸上浮现出了让人毛骨悚然的笑容……！？
鲍曼获得超越人类智慧的力量，夸口说自己连运气都操纵自如。另一方面，soulburner和flame则以炽热的牵绊作为武器，用「转生炎兽」把鲍曼逐步逼向无路可走的境地。就在那时，flame的身上突然发生了异变。
revolver故意使lightning来到自己这边，他揭露了lightning犯下的罪和创造鲍曼的真正理由。向来冷静的lightning在此刻显露出愤怒，对其挑起决斗。
revolver道出了对有关各伊格尼斯和人类将走到哪种未来一事进行模拟，只有lightning的结果是人类和伊格尼斯一起走向破灭未来的这一实情。他在决斗中也处于优势，还呼唤出了新的‘装弹枪管’。就在准备要做了断那时，lightning动用了残忍的手段。
lightning拿草薙仁当人质，以此引起revolver的动摇。可是，鲍曼对那行为很失望于是制止了lightning。lightning在自己的作战计划失败之后，向着遍体鳞伤的revolver揭露了有关鸿上博士的冲击性真相……。俩人壮烈的决斗终于迎来了断！！
playmaker背负了同伴们的意志于一身，和吸了伊格尼斯的鲍曼展开对峙。然而，另一方面被关在「连接境智网」里面的虚拟形象那边开始发生不断有人倒下的神秘现象。随后，鲍曼突然掀起了强大的“数据风暴”，召唤出令人惊愕的连接怪兽！
鲍曼利用在连接境智网里的人们意识来制造数据风暴，召唤出强力的「驱动龙怪兽」，playmaker处于对此无计可施的状态。汉诺三骑士他们见到那种情况，于是为了解决状况而开始行动。
鲍曼为了制造出数据风暴而利用人类意识来启动「神经元连接」。在汉诺三骑士和晃以及ghost girl的拼死协助之下，这神经元连接终于遭到破坏。然而，眼前的鲍曼却马上开始了神经元连接的复原，使playmaker陷入到充满绝望的状况之中……
ai破坏掉“神经元连接”的一部分，侵入到鲍曼的程序内，在里面发现已遭完全吸的5只伊格尼斯们。带着那些伊格尼斯们留下的最后希望，ai从程序内逃脱出来，将其托付给playmaker。紧接着这场与鲍曼之间的战斗终于进入最终局面。到底人类和ai的未来将会……
playmaker结束了与鲍曼赌上世界命运的激战，被夺走的同伴们意识得到解放让他放下心来。然而，经历战斗用尽力量的ai以及被鲍曼吸的伊格尼斯们并没有回来……
“正等着你呢，知道你一定会来找我的。”霸王休闲的坐在沙发上单手拿着书在看，这时有人打断了她的休闲时光，来者是……
“……”
“嗯，可以。但、”
“？”
“这个是有条件的。”
“……？”
“你迟早会知道的，现在还不是时候。”
“……”
“嗯，我相信着。”
“……”
“要小心，残酷的命运正在向你靠近。”霸王看着对方离去的身影。